Seperti halnya Situs Warungboto, Gua Siluman ini merupakan Pesanggrahan peninggalan HB II dan digunakan sebagai tempat bertapa. Sebagian gua ini tepat berada di bawah jalan menuju daerah Berbah Sleman. Pada awalnya pesanggrahan ini juga dilengkapi kolam air, tetapi sayang yang tersisa kini tinggal puing dan sedikit jejak bekas bangunannya.
Puro Pakualaman adalah istana Kadipaten yang pada awalnya merupakan kediaman milik Pangeran Notok
usumo, Putra Sultan HB I dengan Ratu Srenggorowati. Bagian depan bangunan Puro Pakualaman terdapat gerbang pertama yang disebut Wiworo Kusumo dan bangunan Joglo Wiworo Kusumo Winayang Reko yang artinya keselamatan, keadilan dan kebebasan Pendopo istana disebut Utomo Sewotomo’ dengan empat tiang utama ditengahnya, disini disimpan Gamelan Pelog dan Slendro ‘Kyai Kebogiro’.
Di pendopo ini terdapat ruang China yang dimanfaatkan untuk menyimpan barang-barang yang berasal dari China dan ruang kerja raja yang disebut ‘Ruang Sr
ikaya’.
Disebelah pendopo terdapat bangunan ‘Dalem Ageng Proboyekso’ dimana terdapat Pasren, Ruang Pustaka, Ruang Pakaian, Kamar Tidur dan Gandok Wetan dan Kulon.
Di bagian belakang disebut Seworenggo sebagai ruang tunggu dan ruang pertemuan, terdapat pula bangunan ‘Maerakaca’ yang dindingnya terbuat dari kaca. Di istana Puro Pakualaman juga terdapat museum yang menyimpan benda-benda peninggalan sejarah yang berhubungan dengan Puro Pakualaman.
Walaupun namanya ‘Pulo Cemeti’ tetapi ini bukanlah “Pulau” melainkan bangunan peninggalan sejarah yang tinggi namun kemudian rusak dan sekarang masih tersisa sedikit reruntuhannya. Bangunan ini tinggi, sehingga pengunjung bisa menikmati keindahan Yogyakarta dari atas bangunan ini. Pada masanya bangunan yang merupakan 
bagian dari Komplek Tamansari ini berfungsi sebagai tempat peristirahatan sekaligus tempat pengintai
an.
Sumur Gumuling merupakan satu rangkaian dengan Keraton Yogyakarta yang berada di komplek Taman Sari, dahulunya merupakan Masjid bawah tanah. Di depa
nnya terdapat Gerbang Sumur Gumuling yaitu gerbang barat dan gerbang timur. Gerbang yang masih bisa dilewati saat ini hanya gerbang sebelah timur.
Bangunan sumur gumuling dibangun dengan banyak filosofi
“pintu utama masuk hanya 1 mengartikan bahwa manusia lahir dan mati akhirnya kembali ke Allah, ada lima tangga untuk menuju lantai 2 cermin 5 rukun Islam, empat diantaranya menuju tengah dan satu tangga lainnya menghubungkan ke lantai dua, maksudnya jika telah mampu
kita bisa menunaikan Rukun Islam ke 5 ‘naik haji’
Didirikan pada masa HB I pertengahan abad XVIII, Tamansari merupakan istana air pada masanya merupakan tempat rekreasi, pesanggrahan dan benteng pertahanan bagi Sultan dan keluarganya. Ditempat ini terdapat segaran dengan perahunya, kolam renang, ruang tari, dll. Bagian-bagian bangunan Tamansari terdiri : 
Bagian Sakral, bangunan agak menyendiri sebagai tempat pertapaan Sultan dan keluarganya
Bagian Kolam Pemandian, bagian yang digunakan Sultan beserta keluarganya berekreasi
Bagian Pulau Kenanga, terdiri dari beberapa bangunan meliputi Pulau Kenanga/Pulau Cemeti, Sumur Gumuling dan Lorong bawah tanah.
Didepan komplek, terdapat Masjid yang dikenal dengan nama Masjid Saka Tunggal karena memiliki satu buah tiang, masjid ini dibangun pada abad XX
Alun-alun Kidul atau Pengkeran yang berarti belakang dikelilingi tembok persegi yang memiliki lima gapura satu di sisi Selatan serta dua buah masing-masing di sisi Timur dan Barat. Disebelah barat diantara dua gap
ura terdapat bangunan 
‘NgGajahan’ yaitu kandang tempat gajah hewan peliharaan Sultan.
Pada masanya Alun-alun Selatan merupakan tempat latihan baris berbaris prajurit Keraton, juga tempat sowan abdi dalem wedana prajurit dan anak buahnya pada malam bulan puasa 23,25,27 dan 29, tetapi sejak HB VIII, pisowanan ini ditiadakan.